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16S/18S/ITS微生物測序技術(shù)服務(wù)

 更新時間:2019-02-19 點擊量:2059

產(chǎn)品介紹
微生物群落多樣性分析是指利用二代高通量測序技術(shù),對微生物的16S rDNA、18S rDNA以及ITS高變區(qū)域,或者功能基因進行測序,分析環(huán)境中細菌、古細菌以及真菌的種類組成和含量,揭示環(huán)境樣品中微生物種類以及它們之間的相對豐度和進化關(guān)系,進一步探討微生物多樣性;對于研究微生物與人類醫(yī)療健康、食品安全、環(huán)境檢測與治理、微生物資源的利用等有著重要的理論和現(xiàn)實意義。
 
產(chǎn)品分類
16S rDNA測序:16S rDNA為編碼原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列,存在于所有細菌染色體基因中,共包括9個可變區(qū)和10個保守區(qū),保守序列區(qū)域反映了生物物種間的親緣關(guān)系,而高變序列區(qū)域則能體現(xiàn)物種間的差異。采用HiSeq或的MiSeq測序儀,對16S rDNA某個高變區(qū)進行測序,進一步分析環(huán)境微生物中細菌或古細菌的多樣性。
18S rDNA測序:18S rDNA為編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列。在結(jié)構(gòu)上分為保守區(qū)和高變區(qū),保守區(qū)反映生物物種間的親緣關(guān)系,高變區(qū)反映物種間的差異。
ITS測序:ITS分為兩個區(qū)域:ITS1/ITS2,其中ITS1位于真核生物核糖體rDNA序列18S和5.8S之間,ITS2位于真核生物核糖體rDNA序列5.8S和28S之間。ITS序列由于自然選擇壓力小,因此在進化過程中能夠承受更多的變異,通過對ITS1或者ITS2進行測序,可分析環(huán)境微生物中真菌的多樣性。
技術(shù)流程
 
技術(shù)參數(shù)
測序平臺:HiSeq2500;MiSeq
測序策略:PE250
測序周期:25-40工作日
測序數(shù)據(jù):不低于合同規(guī)定數(shù)據(jù)量
標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)分析
● 原始測序數(shù)據(jù)預(yù)處理   
● 稀釋曲線(Rarefaction Cur ve)   
● OTU劃分&OTU注釋&物種分類注釋   
● 物種系統(tǒng)發(fā)育樹
● 多樣性指數(shù)分析  
● 物種組成統(tǒng)計熱圖   
● 群落結(jié)構(gòu):OTU分類   
● 物種豐富程度&均勻程度(Rank Abundance曲線)
● 主成分分析(Principal component analysis, PCA)
深度數(shù)據(jù)分析
● 多樣品OTU分布網(wǎng)狀圖(Network)   
● 單因素方差分析   
● 多樣品O TU分布比較(Venn圖)
● 多樣品(微生物群落)分層聚類UPGMA    
● 樣本聚類UP GMA可靠性Support分析
● 主坐標(biāo)分析PCoA(2D/3D)圖   
● 基于Unifrac 距離的箱型圖(Box-Plot)分析
● 含分類單元主坐標(biāo)分析PCoA圖(3D Bi-Plot)  
● 差異對比NMD S分析
● 冗余分析RDA(線性模型)/典型對應(yīng)分析CCA(單峰模型)   
● 含多樣品分類餅圖
● LEfSe分析(組間比較分析)   
● Adonis組間比較分析(基于Unifrac距離矩陣)
引物信息
 
樣本要求
糞便:采集新鮮糞便樣品于無菌容器中,每份樣品5g左右即可,液氮速凍3-5min,-80°C長期保存,干冰運輸。
土壤:采集土壤樣本5g左右無菌容器中,液氮速凍3-5min,然后轉(zhuǎn)移-80°C 或液氮中長期保存,干冰運輸。
污泥:采集污泥樣本于無菌容器中,每份樣品5g左右即可,液氮速凍3-5min, -80°C長期保存,干冰運輸。
水體:1、對于水質(zhì)較為清澈的水樣,用0.22μm 的微孔濾膜真空過濾水樣(1 L左右),富集于無菌管中,液氮速凍3-5min,干冰運輸。2、對于水質(zhì)較為混濁的水樣,三點水樣混合搖勻后取60-80mL,液氮速凍3-5 min,-80℃保存,干冰運輸。
皮膚:采用無菌棉簽輕輕刮取皮膚表面,取樣后將棉簽置于無菌的離心管,液氮速凍3-5min,-80℃長期保存,干冰運輸。
服務(wù)流程
1、提交項目課題相關(guān)需求和資料。
2、與我們的專業(yè)技術(shù)團隊討論項目細節(jié)。
3、根據(jù)討論后的意見對實驗方案進行修改。
4、雙方均滿意并達成一致,簽訂技術(shù)服務(wù)合同。
5、開展實驗,按期完成合同規(guī)定的內(nèi)容。
6、結(jié)題,提供實驗原始結(jié)果和分析結(jié)果、實驗流程、實驗條件等等。
我們的優(yōu)勢
1、適用于單細胞、微量細胞樣品。
2、數(shù)據(jù)質(zhì)量高、偏差小、高度均一。
3、高通量,單個樣本可達30-100X的測序深度和數(shù)據(jù)產(chǎn)出量。
4、*的覆蓋度,能檢測到90%以上的SNP位點信息。
5、檢測靈敏度和準(zhǔn)確度高。
6、能夠全面發(fā)掘新的和稀有的遺傳變異
咨詢與訂購 
感謝您選擇我們的服務(wù),如果您有任何問題,請聯(lián)系我們,我們將竭誠為您解答和服務(wù)。

 

 

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